Sejarah Kota Balikpapan tidak bisa dipisahkan dengan Minyak yaitu lebih tepatnya dengan sumur minyak Mathilda, sumur pengeboran perdana pada tanggal 10 Februari 1897 di kaki gunung Komendur di sisi timur Teluk Balikpapan. Penamaan sumur minyak ini berasal dari nama anak JH Menten dari JH Menten dan Firma Samuel & Co sebagai pemenang hak konsesi pengeboran di yang ditunjuk pemerintah Hindia Belanda yang telah mengontrak Balikpapan dari Kesultanan Kutai.

Di awal tahun 1900-an bertambahnya jumlah penemuan dan pengeboran minyak di Balikpapan telah membawa pendatang dalam jumlah besar ke Balikpapan. Pendatang ini kebanyakan adalah orang Cina dan para pekerja pengeboran yang rata-rata berasal dari jawa dan berbagai daerah lainnya seperti India. Pekerja dari Cina dan India inilah yang menjadi cikal bakal penghuni desa di Tukung (Klandasan) dan Jumpi (Kampung Baru) yang merupakan asal usul sebagian besar warga Balikpapan. Selain itu keberadaan minyak, yaitu minyak tanah atau "lantung", juga mengundang semakin besarnya jumlah pedagang yang datang dari daerah Kerajaan Banjar di Banjarmasin dan Bone di Sulawesi Selatan untuk berdagang dan singgah di Balikpapan.

Seiring dengan berkembangnya waktu Balikpapan telah berkembang menjadi "Kota Minyak" dengan besarnya produksi minyak yang dihasilkan yang mencapai 86 juta barrel per tahun. Perkembangan industri minyak inilah yang telah membangun Balikpapan menjadi kota industri. Namun Saat ini Balikpapan tidak lagi menjadi Kota Minyak yang berorientasi pada pengeboran melainkan pada jasa pengolahan minyak yang telah mengolah minyak mentah dari sekitar Balikpapan, yaitu Sepinggan, Handil, Bekapai, Sanga-sanga, Tarakan, Bunyu dan Tanjung serta minyak mentah yang diimpor dari negara lain.

Asal usul nama Balikpapan

Menilik dari susunannya, kata “Balikpapan” dapat dimasukkan ke dalam asal kata bahasa Melayu. Menurut buku karya F. Valenijn pada tahun 1724, menyebut suatu daerah di hulu sebuah sungai yang berada di Teluk sekitar tiga mil dari pantai, desa itu bernama BILIPAPAN, dan nama tersebut dikaitkan dengan sebuah komunitas pedesaan di teluk yang sekarang dikenal dengan nama Teluk Balikpapan.

Ada beberapa versi mengenai asal usul nama Balikpapan, antara lain:

1. Versi Pertama ( Sumber : Buku 90 Tahun Kota Balikpapan yang mengutip buku karya F. Valenijn tahun 1724 )
   Menurut legenda, asal nama Balikpapan adalah karena sebuah kejadian yang terjadi pada tahun 1739, sewaktu dibawah Pemerintahan Sultan Muhammad Idris dari Kerajaan Kutai, yang memerintahkan kepada pemukim-pemukim di sepanjang Teluk Balikpapan untuk menyumbang bahan bangunan guna pembangunan istana baru di Kutai lama. Sumbangan tersebut ditentukan berupa penyerahan sebanyak 1000 lembar papan yang diikat menjadi sebuah rakit yang dibawa ke Kutai Lama melalui sepanjang pantai. Setibanya di Kutai lama, ternyata ada 10 keping papan yang kurang (terlepas selama dalam perjalanan) dan hasil dari pencarian menemukan bahwa 10 keping papan tersebut terhanyut dan timbul disuatu tempat yang sekarang bernama "Jenebora". Dari peristiwa inilah nama Balikpapan itu diberikan (dalam istilah bahasa Kutai "Baliklah - papan itu" atau papan yang kembali yang tidak mau ikut disumbangkan).
   
   
2. Versi Kedua ( Sumber : Legenda rakyat yang dimuat dalam buku 90 Tahun Kota Balikpapan )

   Menurut legenda dari orang-orang suku Pasir Balik atau lazim disebut Suku Pasir Kuleng, maka secara turun menurun telah dihikayatkan tentang asal mula nama "Negeri Balikpapan". Orang-orang suku Pasir Balik yang bermukim di sepanjang pantai teluk Balikpapan adalah berasal dari keturunan kakek dan nenek yang bernama " KAYUN KULENG dan PAPAN AYUN ". Oleh keturunannya kampung nelayan yang terletak di Teluk Balikpapan itu diberi nama "KULENG - PAPAN" atau artinya "BALIK - PAPAN" (Dalam bahasa Pasir, Kuleng artinya Balik dan Papan artinya Papan) dan diperkirakan nama negeri Balikpapan itu adalah sekitar tahun 1527.

Hari Jadi Kota Balikpapan

Hari jadi Kota Balikpapan ditentukan pada tanggal 10 Februari 1897. Penetapan tanggal ini merupakan tanggal peristiwa pengeboran pertama sumur minyak di Balikpapan dan merupakan hasil seminar sejarah Kota Balikpapan tanggal 1 Desember 1984.

Walikota dari Masa ke Masa

1. H.A.R.S.MUHAMMAD ( 1960 - 1963 )
2. MAYOR TNI. AD BAMBANG SOETIKNO ( 1963 - 1965 )
3. MAYOR TNI.AD IMAT SAILI ( 1965 - 1967 )
4. MAYOR POL.ZAINAL ARIFIN ( 1967 - 1973 )
5. LETKOL.POL.H.M.ASNAWI ARBAIN ( 1974 - 1981 )
6. KOL.CZI.TNI.AD.SYARIFUDIN YOES ( 1981 - 1989 )
7. H. HERMAIN OKOL (Sebagai Plt.Walikota) ( 1989 - 1991 )
8. KOL.INF.H.TJUTJUP SUPARNA ( 1991 - Juni 2001)
9. H. IMDAAD HAMID ( Juni 2001 - 2011 )
10. H. M. RIZAL EFFENDI (2011 - s.d. sekarang)