Kota Balikpapan secara astronomis terletak di antara 1,0 LS - 1,5 LS dan 116,5BT - 117,0 dengan luas sekitar 50.330,57 ha atau sekitar 503,3 km2 dan luas pengelolaan laut mencapai 160.10 km2 dengan batas wilayah sebagai berikut :
| Utara | Kabupaten Kutai Kartanegara |
| Selatan | Selat Makassar |
| Barat | Kabupaten Penajam Paser Utara |
| Timur | Selat Makassar |
Secara administratif sesuai dengan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 38 Tahun 1996 Kota Balikpapan terdiri dari 5 (lima) Kecamatan dan 27 (dua puluh tujuh) Kelurahan.
Pada tahun 2012 ada Perubahan Peraturan Daerah Kota Balikpapan Nomor 7 Tahun 2012 tentang Pembentukan 7(Tujuh) Kelurahan Dalam Wilayah Kota Balikpapan, dan Peraturan Daerah Kota Balikpapan Nomor 8 Tahun 2012 Tentang Pembentukan Kecamatan Balikpapan Kota Dalam Wilayah Kota Balikpapan Balikpapan terdiri dari 6 (enam) Kecamatan dan 34 (tiga puluh empat) Kelurahan, yaitu :
- Kecamatan Balikpapan Timur
- Kecamatan Balikpapan Selatan
- Kecamatan Balikpapan Tengah
- Kecamatan Balikpapan Utara
- Kecamatan Balikpapan Barat
- Kecamatan Balikpapan Kota
Kecamatan Balikpapan Timur
Kecamatan Balikpapan Timur memiliki luas wilayah perairan 92,42 km2 dan wilayah darat 137,158 km2. Kecamatan ini memiliki 4 (empat) kelurahan dan jumlah rukun tetangga sebagai berikut :
| No | Kelurahan | Luas Daerah | Jumlah RT |
| 1 | Manggar | 35,255km2 | 30 |
| 2 | Manggar Baru | 3,836km2 | 26 |
| 3 | Lamaru | 48,555km2 | 13 |
| 4 | Teritip | 49,512km2 | 24 |
Kecamatan Balikpapan Selatan
Kecamatan Balikpapan Selatan memiliki luas wilayah perairan 200,3 km2 dan wilayah darat 37,818 km2. Kecamatan ini memiliki 7 (tujuh) kelurahan dan jumlah rukun tetangga sebagai berikut :
| No | Kelurahan | Luas Daerah | Jumlah RT |
| 1 | Damai Baru | 2,149 km2 | 33 |
| 2 | Damai Bahagia | 3,708 km2 | 43 |
| 3 | Sepinggan Baru | 10,618 km2 | 40 |
| 4 | Sungai Nangka | 3,204 km2 | 27 |
| 5 | Sepinggan Raya | 6,588 km2 | 31 |
| 6 | Gunung Bahagia | 3,735 km2 | 50 |
| 7 | Sepinggan | 7,812 km2 | 45 |
Kecamatan Balikpapan Tengah
Kecamatan Balikpapan Tengah memiliki luas wilayah perairan 9,97 km2 dan wilayah darat 11,0738 km2. Kecamatan ini memiliki 6 (enam) kelurahan dan jumlah rukun tetangga sebagai berikut :
| No | Kelurahan | Luas Daerah | Jumlah RT |
| 1 | Gunung Sari Ilir | 1,1410 km2 | 69 |
| 2 | Gunung Sari Ulu | 1,8252 km2 | 34 |
| 3 | Mekar Sari | 1,2866 km2 | 35 |
| 4 | Karang Rejo | 1,2050 km2 | 66 |
| 5 | Sumber Rejo | 2,205 km2 | 44 |
| 6 | Karang Jati | 3,411 km2 | 37 |
Kecamatan Balikpapan Utara
Kecamatan Balikpapan Utara memiliki wilayah darat seluas 132,1662 km2 dan tidak memiliki wilayah perairan. Kecamatan ini memiliki 6 (enam) kelurahan dan jumlah rukun tetangga sebagai berikut :
| No | Kelurahan | Luas Daerah | Jumlah RT |
| 1 | Gunung Samarinda | 2,703 km2 | 47 |
| 2 | Muara Rapak | 3,5272 m2 | 87 |
| 3 | Batu Ampar | 10,553 km2 | 58 |
| 4 | Karang Joang | 93,0904 km2 | 42 |
| 5 | Gunung Samarinda Baru | 3,035 km2 | 20 |
| 6 | Graha Indah | 19,254 km2 | 36 |
Kecamatan Balikpapan Barat
Kecamatan Balikpapan Barat memiliki luas wilayah perairan 37,49 km2 dan wilayah darat 179,952 km2. Kecamatan ini memiliki 6 (enam) kelurahan dan jumlah rukun tetangga sebagai berikut :
| No | Kelurahan | Luas Daerah | Jumlah RT |
| 1 | Baru Ilir | 0,589 km2 | 62 |
| 2 | Margo Mulyo | 1,8453 km2 | 39 |
| 3 | Marga Sari | 0,665 km2 | 30 |
| 4 | Baru Tengah | 0,5704 km2 | 43 |
| 5 | Baru Ulu | 0,9548 km2 | 40 |
| 6 | Kariangau | 175,3275 km2 | 9 |
Kecamatan Balikpapan Kota
Kecamatan Balikpapan Kota memiliki luas wilayah perairan 200,3 km2 dan wilayah darat 10,218 km2. Kecamatan ini memiliki 5 (lima) kelurahan dan jumlah rukun tetangga sebagai berikut :
| No | Kelurahan | Luas Daerah | Jumlah RT |
| 1 | Prapatan | 3,1412 km2 | 36 |
| 2 | Telaga Sari | 2,538 km2 | 38 |
| 3 | Klandasan Ulu | 0,89 km2 | 53 |
| 4 | Klandasan Ilir | 1,435 km2 | 57 |
| 5 | Damai | 2,221 km2 | 16 |