- Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia
- Badan Penanggulangan Bencana Daerah
- Badan Pengelola Keuangan Daerah
- Badan Pengelola Pajak Daerah dan Retribusi Daerah
- Badan Perencanaan Pembangunan Daerah Penelitian dan Pengembangan
- Dinas Pendidikan dan Kebudayaan
- Dinas Kesehatan
- Dinas Pekerjaan Umum
- Dinas Perumahan dan Permukiman
- Dinas Sosial
- Dinas Ketenagakerjaan
- Dinas Pemberdayaan Perempuan Perlindungan Anak dan Keluarga Berencana
- Dinas Pertanahan dan Penataaan Ruang
- Dinas Lingkungan Hidup
- Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil
- Dinas Perhubungan
- Dinas Komunikasi dan Informatika
- Dinas Koperasi, UMKM dan Perindustrian
- Dinas Penanamaan Modal dan Perizinan Terpadu
- Dinas Perpusataan dan Arsip
- Dinas Pemuda Olahraga dan Pariwisata
- Dinas Pangan, Pertanian, dan Perikanan
- Dinas Perdagangan
- Inspektorat
- Badan Kesatuan Bangsa dan Politik
- Satuan Polisi Pamong Praja
- Sekretaris Daerah
- Sekretaris DPRD
- Kecamatan Balikpapan Barat
- Kecamatan Balikpapan Tengah
- Kecamatan Balikpapan Kota
- Kecamatan Balikpapan Utara
- Kecamatan Balikpapan Selatan
- Kecamatan Balikpapan Timur
- RSUD Beriman
- RSKB Sayang Ibu